デプロイにはいろんな種類があるので。
自動デプロイ
開発モードで動かしていて、自動デプロイメントが有効な場合は、管理サーバの「autodeploy」ディレクトリに、Warファイルを置くだけで自動デプロイされる。
再デプロイはファイルの上書き。アンデプロイしたい場合は、ファイルを削除。
//場所の例
/opt/bea/user_projects/domains/ドメイン名/autodeploy
http://edocs.beasys.co.jp/e-docs/wls/docs92/deployment/autodeploy.html